C’est une auteure du nom d’Akira Tade vivant à Tokyo, qui a fait cette découverte en interrogeant des survivants de la Shoah lors d’un voyage aux Etats-Unis, pour l’écriture d’un livre. L’un d’eux, Simon Korentajer, un rescapé d’origine polonaise, s’est ainsi réfugié au Japon grâce à un visa signé de la main de Saburo Nei.
Après enquête, il s’est avéré que le document autorisant son porteur à se rendre aux Etats-Unis en passant par les ports japonais de Tsuruga et Yokohama, situés le long de la côte Pacifique, avait été délivré le 28 février 1941. La signature du diplomate et le tampon du consulat de Vladivostok apparaissent nettement sur les documents.
En dépit de la politique japonaise alors en vigueur interdisant de délivrer des visas de transit sans avoir l’assurance que les voyageurs étaient bien autorisés à entrer dans le pays de destination finale, Saburo Nei a pris l’initiative de délivrer les visas.
C’est ainsi qu’en mars 1941, Simon Korentajer et sa famille ont débarqué au Japon, passant ensuite par Shanghai en Chine pour finalement s’installer aux Etats-Unis après la guerre, en août 1947.
Des recherches plus approfondies en Russie ont permis de mettre la main sur des documents émanant du ministère des Affaires étrangères de l’époque, qui mentionnent que Saburo Nei avait confié à un officiel russe « avoir délivré un certain nombre de visas de transit sans l’autorisation de Tokyo ».
Un autre diplomate nippon du nom de Chiune Sugihara (1900-1986), connu comme « l’Oskar Schindler japonais » a sauvé quelque 6.000 Juifs lituaniens durant la guerre, en leur accordant des visas pour entrer au Japon. Il a été reconnu par Israël comme Juste parmi les Nations en 1985.